1、小兒家族性自主神經失調綜合征征尚無特殊治療方法，僅以對證治療為主。
2、吞咽困難的患兒可給予鼻飼，肺部感染者可適當應用抗生素，多汗、流涎可服用阿托品類藥物，流淚障礙及角膜潰瘍可給對癥處理，各種維生素、鎮靜劑如地西泮、氯丙嗪，以及抗癲癇藥物等，已證實有一定的療效，明顯的脊柱畸形可以考慮進行手術矯形。
3、自主神經失調性危象發作時，可用氯丙嗪、地西泮、氨甲酰甲膽堿作對癥治療，必要時需補液。眼內滴入甲基纖維素眼藥水，可保護角膜。
4、注射醋甲膽堿或新斯的明可有一時性效果，對于小兒，這類藥物的劑量難以確切掌握。咨詢、攜帶者基因檢測及產前診斷和選擇性人工流產等。