原發性嬰幼兒型青光眼原則上一旦診斷應盡早手術治療。抗青光眼藥物在嬰幼兒的安全性難以評價，且如有不良反應患兒通常也不會自訴。因此，僅用作短期的過渡治療，或適用于不能手術的患兒。
1.藥物治療
由于兒童身體狀況及嬰幼兒青光眼的特殊性，其藥物治療不僅要考慮降眼壓的效果，而且要根據兒童的生理特點以及各種青光眼藥物的特性來選擇。此外，還要將嬰幼兒青光眼的表現及藥物治療的要求、注意事項告訴患兒家長，并取得其配合。藥物治療的原則是選擇低濃度和全身影響小的制劑，如0.25%噻嗎洛爾，0.25%的倍他洛爾，1%毛果蕓香堿，1%布林佐胺等滴眼液，口服乙酰唑胺為5～10mg/kg體重，3～4次/d。滴藥時要避免患兒哭鬧，將藥液擠出眼外，影響療效；同時要壓迫淚囊區，防止藥液經鼻淚道和鼻腔的黏膜吸收而產生全身的不良反應。對于手術未能完全控制眼壓者，或有其他病殘，預期壽命短或全身麻醉有危險而不適于手術的患兒，需要較長期藥物治療，尤其要注意全身的藥物不良反應，必要時應與兒科醫生共同處理。
2.手術治療
原發性嬰幼兒型青光眼的早期診斷及早期手術治療是爭取較好預后的關鍵。對3歲以下患兒可選用外路小梁切開術或房角切開術，3歲以上及所有伴角膜混濁影響房角檢查的病例均適于外路小梁切開術。特點是術后不需濾過泡引流，其房水循環仍為生理性的外流途徑。從手術效果來看，首次手術成功率高，患兒在1～24個月齡，尤其1～12個月齡時手術成功率高，術后畏光、流淚、瞼痙攣癥狀多數很快解除。外路小梁切開術和房角切開術可多次施行，如失敗則選擇小梁切除術等其他濾過性手術。