乳腺導管內乳頭狀瘤最有效的治療方法為手術切除。臨床體檢能觸及腫塊者，手術切除病變導管送檢即可，待病理回報。對臨床體檢摸不到腫塊的患者術前必須對病灶定位，如術前靠乳管鏡定位可在皮膚上進行標記，必要時還可在乳管鏡檢查時置入“金屬定位線”，為術中引導手術切除病灶；二是在手術中找到溢液乳管開口放入探針或注入藍色染料（亞甲藍），術中利用探針或藍染的區域引導切除病灶送檢。靠手術中定位的患者術前應囑患者不要擠壓乳房，以免溢液排凈，導致術中難以定位。對中央型導管內乳頭狀瘤手術切除范圍合理，一般很少復發；但可在同側乳腺的其他乳管或對側乳腺再發。對周圍型導管內乳頭狀瘤，若手術切除不徹底，可導致腫瘤復，手術應切除病變所在的腺葉，術后定期復查。對病變范圍較廣、病理檢查提示伴不典型增生者，如患者年齡較大，也可考慮行乳房單純切除加即刻乳房重建手術。