1.清洗前先準備好相關的工具及試劑，然后打開機箱，小心地拔開與離子源連接的電纜，擰松螺絲，取下離子源。取預桿之前先取下主四極桿，豎放在無塵紙上，再取下預桿待洗。注意整個操作過程一要小心謹慎，二要避免灰塵進入腔體。
2.將離子源各組件分離，在離子源的所有組件中，燈絲、線路板和黑色陶瓷圈是不能清洗的。而離子盒及其支架、三個透鏡、不銹鋼加熱塊以及預桿需要用氧化鋁擦洗，將600目的氧化鋁粉用甘油或去離子水調成糊狀，用棉簽蘸著擦洗，重點擦洗上述組件的內表面，即離子的通道。
3.氧化鋁擦洗完畢后，用水沖凈，然后分別用去離子水、甲醇、丙酮浸泡，超聲清洗，待干后組合好離子源，先安裝好預桿、四極桿，再小心裝回離子源，蓋好機箱，清洗完畢。