藥物合成中帶入的雜質和藥物的降解產物通常與藥物有相似的結構，而且一般含量很低。
CE作為藥物的雜質痕量組分分析方法，具有多組分、低含量和同時分離分析能力，故可以用毛細管電泳作為藥物雜質的檢測手段。CE也可以用于藥物生產過程全方位控制與檢測，以保證藥物質量，提高工藝水平。
己有文獻報道用NACE法測定己烯雌酚片及其降解物；CE法定量分析鹽酸羅匹尼羅及其潛在雜質；CZE法分析伊班磷酸鹽及其相關雜質；CZE和CITP法檢測高舍瑞林中縮氨酸和反離子物質的含量；CZE法定量檢測半胱胺鈉磷酸鹽中的雜質。
