電滲是推動樣品遷移的另一種重要動力。所謂電滲是指毛細管中的溶劑因軸向直流電場作用而發生的定向流動。電滲是由定域電荷引起。定域電荷是指牢固結合在管壁上、在電場作用下不能遷移的離子或帶電基團。在定域電荷對溶液中的 反號離子吸引下形成了所謂的雙電層，致使溶劑在電場作用（以及碰撞作用）下整體定向移動而形成電滲流（毛細管中的電滲流為平頭塞狀）。
毛細管 區帶電泳條件下，電滲流從陽極流向陰極。電滲流大小受到Zeta電勢、雙電層厚度和介質粘度的影響，一般說來，Zeta 電勢越大，雙電層越薄，粘度越小，電滲流值越大。