人在江河湖塘中游泳或用疫水洗鼻時，含納格里阿米巴進入鼻腔，增殖后穿過鼻粘膜和篩狀板，沿嗅神經上行入腦，侵人中樞神經系統（CNS），引起原發性阿米巴腦膜腦炎（PAM）。其侵襲力可能主要由于產生毒素或溶細胞物質增強吞噬活動，蟲體表面磷酸脂酶A和溶酶體酶促使發病。原發性阿米巴腦膜腦炎發病急驟，病情發展迅速。開始有頭痛、發熱、嘔吐等癥狀，迅速轉入譫妄、癱瘓、昏迷，最快可在一周內死亡。其損害主要表現為急性廣泛的出血性壞死性腦膜腦炎，在腦脊液和病灶組織中有大量滋養體。宿主的易感因素可能存在缺乏IgA，因而粘膜的防御功能受到削弱所致。棘阿米巴的分布更廣泛，在呼吸道分泌物中常可發現。病變原發部位在皮膚或眼、肺、胃、腸和耳等引起炎癥和肉芽腫，在宿主免疫抑制或減弱情況下，可能經血源傳播到中樞神經系統而引起肉芽腫性阿米巴腦炎（GAE）。其損害多為慢性肉芽腫性病變；因此病程較長,可達18-120天。有少數病程呈急性，在10～14天內死亡。神經系統體征顯示局灶性單側損害，有嚴重的局灶性壞死和水腫。病人頭痛、發熱嘔吐、頸強直、眩暈、嗜睡、精神錯亂、共濟失調直至昏迷和死亡。但棘阿米巴未轉移至腦的一般不致命，少數可自愈。