蛋白質二級結構的基本類型有α螺旋、β折疊、β轉角、Ω環和無規卷曲。如血紅蛋白和肌紅蛋白中含有大量的α-螺旋,鐵氧蛋白(ferredoxin)則不含任何的α螺旋。蛋白質中各種類型的二級結構并不是均勻地分布在蛋白質中,不同蛋白質中β折疊和β-轉角的數量也有很大的變化。