包蟲病可在人體內數年至數十年不等。臨床表現視其寄生部位、囊腫大小以及有無并發癥而異。因寄生蟲的蟲種不同，臨床上可表現為囊型包蟲病（單房型包蟲病）、泡型包蟲病（多房型包蟲病）、混合型包蟲病。
1.肝包蟲病
囊肝包炎極度腫大時右上腹出現包塊，患者有飽脹牽涉感并可有壓迫癥狀。囊腫大多位于右葉，且多位于表面，位于左葉者僅占1/4。囊腫位于右葉中心部時肝臟呈彌漫性腫大，向上發展壓迫胸腔可引起反應性胸腔積液、肺不張等；向下向前發展則向腹腔膨出。大多數患者體檢時發現肝臟極度腫大，局部有表面平滑囊腫感。少數病例叩擊囊腫后可聽到震顫。由細粒棘球蚴所致的通常稱為單房型包蟲病；由多屬棘球蚴所致的稱為多房型包蟲病，簡稱泡球蚴病。包蟲增殖方式呈浸潤性，酷似惡性腫瘤。肝泡球蚴尚可通過淋巴或血路轉移，繼發肺、腦泡型包蟲病，故有惡性包蟲病之稱。肝質地變硬，表面不平。
2.肺包蟲病
常有干咳、咯血等癥狀。約有2/3患者病變位于右肺，且以下葉居多。囊腫破入胸腔時可發生嚴重液氣胸。約半數患者的囊腫破入支氣管，隨著囊液咳出而自愈，偶可因囊液大量溢出而引起窒息。
3.腦包蟲病
發病率低（1%～2%），多見于兒童，以頂葉最常見，臨床表現為癲癇發作與顱內壓增高癥狀。包囊多為單個，多數位于皮層下，病變廣泛者，可累及側腦室，并可壓迫、侵蝕顱骨，出現顱骨隆凸。
4.骨骼包蟲病
國內報告遠低于國外，僅占0.2%左右。以骨盆和脊椎發生率最高，其次可以四肢長骨、顱骨、肩胛骨、肋骨等。細粒棘球蚴侵入長骨后，感染通常從骨端開始，疏松海綿骨首先受侵。由于骨皮質堅硬、骨髓腔狹小呈管狀，限制包蟲的發展，故病程進展緩慢，晚期可能出現病理性骨折、骨髓炎或肢體功能障礙。
5.其他
心包、腎、脾、肌肉、胰腺等包蟲病均比較少見，其癥狀似良性腫瘤。人感染包蟲病后，常因少量抗原的吸收而致敏，如囊腫穿破或手術時，囊液溢出可致皮疹、發熱、氣急、腹痛、腹瀉、昏厥、譫妄、昏迷等過敏反應，重者可死于過敏性休克。