①低鉀血癥，棉酚可以促進腎臟組織合成前列腺素及抑制鉀一鈉三磷酸腺成酶的活性，降低腎臟保留鉀的能力，從而導致低鉀血癥。使用中必須熟悉低鉀血癥的臨床表現，及時發現與處理，以便杜絕不良后果，有條件者應定期監測血鉀的水平。
②永久性無精子癥，棉酚可致生精上皮萎縮，然而個體間的差異很大，有些人用后生精上皮的形態不發生明顯的變化；有少數人卻可發生明顯萎縮。部分損害時仍有可能恢復生育力，但若全部受損則不能恢復，而造成永久性不育。事先不能預測其發生；一旦發生后，又無有效的治療方法，故預防其發生非常重要。建議連續用藥時間最長為2年，以后改用其它避孕方法，并觀察精子計數恢復的情況。若希望重復用藥者，必須等待精子計數恢復正常后再用。