構建融合蛋白的基本方法是將具有特定功能的天然或人工編碼的多肽序列模塊化,并使用基因編碼的DNA序列模板合成,隨后將第1個蛋白的終止密碼子刪除,再接上帶有終止密碼子的第2個蛋白基因,以實現兩個基因的共同表達。通過控制每一個功能肽模塊在整體蛋白材料中的確切位置和密度,人們便能夠根據實際需要改變融合蛋白的組成。