是B細胞發育和(或)功能異常所致，約占原發性免疫缺陷病的50%～70%，其中以各類免疫球蛋白(immunglobulins,lgs)均缺少的低丙球蛋白血癥和某一類lg選擇性缺陷最為常見。
特異性免疫
1.B細胞缺陷 50%～75% 性聯低丙球蛋白血癥、選擇性IGA、IgM或IgG亞類缺陷、IgM升高的免疫球蛋白缺陷、Ig重鏈缺失、常見的可變的免疫缺陷
2.T細胞缺陷 5%～10% 先在性胸腺發育不全、與嘌呤核苷磷酸化酶缺乏有關的T細胞缺陷、與膜糖蛋白缺乏有關的T細胞缺陷、與MHCⅠ或Ⅱ類抗原缺乏有關的T細胞缺陷
3.B和T細胞缺陷 10%～25% 嚴重聯合免疫缺陷、共濟失調毛細胞血管擴張、Wiskott-Aldrich綜合癥
非特異性免疫
1.吞噬細胞缺陷 1%～2% 慢性肉芽腫病、白細胞粘附缺陷、6-磷酸葡萄糖脫氫酶缺陷、髓過氧化物酶缺陷
2.補體缺陷 <1% 補體1～9任一組分的缺陷、C1-抑制物缺乏、D或H或1因子缺乏、補體受體缺陷