盡管藥物治療阿米巴病還很有效，但阿米巴病的存在還是一個世界范圍內的公共衛生問題，人們在治療該疾病的同時，還要防止感染包囊，對糞便進行無害化發酵處理，殺滅包囊，保護水源、食物，并不斷提高文化素質、環境衛生和驅除有害昆蟲等措施均有利于對阿米巴病的控制。
由于阿米巴病造成較多的人死亡，且易成為免疫性疾病的伴隨癥，因此對它的預防也日顯重要。研究重組或自然疫苗對阿米巴病的預防作用已廣泛開始，但至今無抗溶組織內阿米巴疫苗在世界范圍內被接受。首先有人報告應用滋養體或可溶性的阿米巴蛋白免疫實驗動物，可獲一定效果；溶組織內阿米巴多絲氨酸蛋白（Serine Rich Entamoeba histolytica Protein, SREHP）雖為表面蛋白，但主要分布在核或胞質，可作為口服疫苗而引導粘膜免疫反應，產生抗阿米巴分泌性IgA而阻止阿米巴吸附于腸粘膜上皮；溶組織內阿米巴表面半乳糖可抑制性凝集素，與阿米巴滋養體的吸附有關，已證實以該凝集素免疫的動物可以抑制阿米巴性肝膿腫的形成，重組的該蛋白的部分多肽也有明顯的體內外抗阿米巴致病作用。該蛋白也具有口服疫苗的作用。認為多種重組阿米巴抗原組成的復合疫苗比單一抗原更具保護性作用。但是實驗動物肝膿腫模型往往是將滋養體直接注射入肝臟，而不同于人類肝膿腫形成的機理。另外，實驗室研究均用溶組織內阿米巴HM1:IMSS實驗室株，血清學證實其高度保存著SREHP、表面凝集素等各類重要表位，但來源于這一蟲株的重組抗原作為疫苗應用于臨床阿米巴病中的效率如何值得探討。
從致病機理方面考慮，口服疫苗將含有高效率的保護性作用，但問題是缺少有效的實驗動物模型。所以研究者們在不斷地探索和嘗試，例如重組抗原在可食植物中表達，制成食品型的疫苗，也許是阿米巴病疫苗發展的另一條途徑。DNA疫苗也許可以像對其他感染性疾病一樣，用于阿米巴病。
研究溶組織內阿米巴的最重要目的是了解和控制其致病力和毒力。這些研究已經進行了一百多年，而現代分子生物學將要回答更多的問題。