快速原子轟擊對于分析非揮發性、熱不穩定的極性化合物非常有效。電離產物[M + H]+和[M – H]-在快速原子轟擊中成對產生，有助于分析正離子質譜和負離子質譜。快速原子轟擊的靈敏度高且樣品消耗少。樣品的最小測得分子量可以是10-9g，且樣品利用率高。對于具有生物活性的物質，因為轟擊所用的是中性顆粒，所以殘留的樣品能保持活性并可以被回收利用。另外，樣品中每種成分的電離概率和檢測靈敏度與樣品組成有關。如果樣品中一種組分電離所需的能量低于樣品中其他組分，則該組分的電離概率較大。
然而，快速原子轟擊不適合分離樣品。快速原子轟擊很難將親和力低的質子與親和力高的質子分開。而且，對于揮發性不同的混合樣品，快速原子轟擊不能將組分分餾和電離。