本病應與心絞痛型冠心病、主動脈瓣狹窄等疾病鑒別。
1.心絞痛型冠心病
鑒別要點：
①冠心病發病年齡多數在中年以上；
②出現心前區疼痛多有典型的特點，心尖肥厚型心肌病的胸痛時間較冠心病心絞痛長，含服硝酸甘油往往無效；
③多伴血脂增高、血壓增高和血糖增高等。必要時作左室造影明確診斷。建議對中老年男性出現不典型心絞痛癥狀、伴心電圖ST-T特異改變時，既要考慮冠心病，也要考慮心尖肥厚型心肌病的可能，行冠狀動脈造影及左室造影可以明確診斷。
2.主動脈瓣狹窄
鑒別要點為：
①主動脈瓣狹窄的收縮期雜音位置較高以胸骨右緣第2肋間為主以及胸骨左緣2～4肋間明顯，雜音向頸部傳導，用改變心肌收縮力和周圍阻力的措施對雜音響度改變影響不大。心尖肥厚性心肌病一般可有較輕的收縮期雜音；
②X線胸片示升主動脈擴張，主動脈瓣可有鈣化影；
③主動脈瓣狹窄經超聲心動圖可發現主動脈瓣病變。而心尖肥厚型心肌病左室長軸觀切面可見心尖部室間隔和左室后下壁明顯增厚，心尖部心室腔狹小，在收縮期可見肥厚心肌呈瘤狀突起，導致心尖部左室腔閉塞和心室腔明顯縮小等較特異性超聲心動圖改變。