腫瘤標志物做為臨床惡性腫瘤的輔助診斷方法已有140多年的歷史。現在常用于臨床早期診斷，判定腫瘤治療效果的腫瘤標志物有：
（1）甲胎蛋白（AFP） 用于原發性肝癌的鑒別診斷。AFP是在人類胎兒血清中發現的，是一種單鏈蛋白，氨基酸順序與血清白蛋白相似。妊娠期第10至12周在胎兒血清中的AFP值可達3×106μgL，隨后逐漸降低，至出生時可降至5×104μgL周歲末的嬰兒AFP低于5μgL。正常成人血清中AFP含量低于9μgL，在沒有疾病的情況下，終生維持這一水平。當AFP含量超過175μgL時，可考慮有肝細胞腫瘤。經臨床證實患有肝臟腫瘤的病人中82%的血清中AFP含量較高。98%的患有轉移肝臟疾病的病人血清中AFP含量低于175μgL。在良性肝臟疾病的患者血清中，AFP含量的升高是瞬時的。
（2）癌胚抗原（CEA） CEA是一種腫瘤相關抗原，以癌胎糖蛋白為特征。CEA最初認為是結腸腺癌的一特異性抗原。但在進一步研究中發現CEA存在于許多組織、粘膜中，如：胃腸、肺來源的內胚層組織的癌中，結腸粘膜中等。所以CEA又是一種非特異性的腫瘤標志物。明顯升高時常見結腸癌、胃癌、肺癌、膽管癌。在肝癌、乳腺癌、卵巢癌、胰腺癌時也有升高。吸煙者的血清CEA也可有輕度增高。
CEA檢測對于監測治療后伴有血循環CEA持續升高的病人具有很重要的價值。它可以提示有潛伏的轉移和殘留病。CEA值持續增高可能與癌復發和不良治療反應相關。CEA值下降通常表示預后和治療反應良好。因此CEA作為癌癥患者預防管理的輔助檢測已被認可。
（3）糖類抗原19FONT9（Ca19-9） Ca19FONT9做為胰腺癌、膽管癌的診斷和鑒別指標。80%~90%胰腺的病人血中Ca19FONT9明顯增高。而肝癌、胃癌、食道癌、部分膽管癌的病人增高不明顯。某些良性疾病如：膽結石、膽囊炎、膽管炎、卵巢囊腫、慢性肝炎、慢性胰腺炎、糖尿病、子宮內膜異位等也可有Ca19FONT9輕度增高。
（4）糖類抗原50（Ca50） Ca50是消化器官癌的診斷標志物，增高的疾病有：胰腺癌、膽道癌、肝癌、卵巢癌、乳腺癌、大腸癌。子宮癌也有輕度增高。
（5）糖類抗原72FONT4（Ca72-4） Ca72FONT4是消化系統、生殖系統、吸呼系統等腺癌的主要診斷指標。臨床上卵巢癌，乳腺癌、直腸癌、結腸癌、胃癌時Ca72FONT4增高。
（6）腫瘤抗原125（Ca125） Ca125常用于卵巢癌的診斷、鑒別診斷和治療效果判定的指標。60%~97%卵巢癌的病人血中Ca125明顯增高。子宮內膜癌、胰腺癌、輸卵管癌也有輕度增高。在某些良性疾患時如：子宮內膜異位癥、胰腺炎、膽囊炎病人Ca125也有輕度增高。
（7）腫瘤抗原153（Ca15-3） Ca15FONT3用于乳腺癌病人的診斷指標。尤其對轉移性乳腺癌的早期診斷有很重要的價值。Ca15FONT3的檢測值在乳腺癌不同病期增高的程度有所不同。據文獻報導I期、II期乳腺癌病人血清中Ca15FONT3僅有10%~20%高于正常值。乳腺癌IV期病人血清中Ca15FONT3有70%明顯增高。除乳腺癌外的其它惡性腫瘤：腫癌、卵巢癌、肝癌、胰腺癌等血清中Ca15FONT3也可見輕度增高。
（8）鱗癌相關抗源（SCC） SCC也叫扁平上皮相關抗原。是扁平上皮癌的診斷指標。子宮頸部扁平上皮癌和肺扁平上皮癌時血清中SCC明顯增高。臨床上SCC增高還可見于食道癌、膀胱腫瘤等。在機體有扁平上皮的部位患有良性疾病時，SCC也可見升高。
（9）組織多肽抗原（TPA） TPA是腫瘤細胞分泌的一種多肽抗原，所以各種組織器官患有腫瘤都可見升高，如：卵巢癌、結腸癌、直腸癌、肝細胞癌、胰腺癌、肺癌、乳腺癌、子宮內膜癌、睪丸腫瘤等都可見TPA增高。
（10）細胞角質素片斷19（Cyfra21FONT1） Cyfra21FONT1是肺癌診斷的重要指標。50%~70%肺癌患者血清中Cyfra21FONT1明顯增高。
（11）神經原特異性烯醇華僑酶（NSE） NSE是小細胞肺癌的特異性診斷標志物。對神經內分泌系統腫瘤、成神經細胞瘤、甲狀腺髓樣癌等也有特異性診斷價值。
（12）前列腺特異抗原（PSA） PSA是前列腺癌的特性標志物。隨著前列腺癌的病程進展，早期、中期、晚期血清中PSA值逐漸增高。PSA在男性前列腺炎和前列腺肥大癥時也可見增高。