常染色質的結構類似于未折疊的一串珠子中間被一根細繩穿過，這其中的珠子代表核小體結構。每個核小體由八個蛋白質單體組成，這些蛋白質叫做組蛋白，每個組蛋白單體周圍有147個堿基對長度的雙鏈DNA環繞；在常染色質中，DNA在組蛋白上的包裹是較為松散的，從而其上的原始DNA序列是暴露在外可被讀取的。
每一個處于被DNA環繞的核心組蛋白單體（除被DNA包裹的8個核心組蛋白外還有作為連接蛋白的組蛋白H1等）有一個“尾部”多肽結構，可被多種不同程度修飾。這些尾部的修飾被認為可以發揮基因調控之開關的功能，他們可以決定染色體上整體基因的疏密排布方式。
其中的一個具體例子是發生在賴氨酸（K4）上的甲基化，這是組蛋白上重要的一類標記物。