巖藻多糖的結構十分復雜，一方面不同種褐藻的巖藻多糖，化學組成不盡相同，除了主要成分巖藻糖和硫酸酯外，還含有其他單糖（甘露糖、半乳糖、葡萄糖等）和糖醛酸，有些還具有乙酰基和蛋白質;
另一方面不同種褐藻中的巖藻多糖的結構也不相同，并且由不同提取方法得到的巖藻多糖也可能具有不同的結構，Ponce等在室溫下從提取到的巖藻多糖，主要由巖藻糖、半乳糖和硫酸酯組成，而在70℃下提取到的巖藻多糖主要由巖藻糖和其他單糖（大部分甘露糖，小部分的葡萄糖、木糖、鼠李糖和半乳糖），以及大量的糖醛酸和少部分的硫酸酯組成 。