尿激酶可按兩條不同途徑激活纖溶酶原：①尿激酶專一裂解殘基Arg－Val（560～561）間肽鍵，使激活成N末端為谷氨酸的纖溶酶，后者又自身裂解，作用于N端附近的肽鍵Lys－Lys（77～78）或Lys－Val（78～79），并釋放出相應的肽段，最后形成N末端為Lys或Val的纖溶酶，此激活途徑較為緩慢；②體內少量形成的纖溶酶，先使酶原降解，自N端除去77或78個氨基酸殘基的肽段，形成N末端為Lys或Val的纖溶酶原，此時由于構象上的變化，較之完整的纖溶酶原更易被尿激酶所激活，最后也同樣形成N末端為Lys或Val的纖溶酶。
鏈激酶對纖溶酶原的激活則屬于接觸激活。鏈激酶本身并不是一個酶，而是一個分子量為 47 000的蛋白質，它與纖溶酶原結合后形成一個等克分子比的復合物，使復合物中纖溶酶原的構象發生變化，并顯示出活化因子的活力，自身催化其余游離的纖溶酶原，使之轉變為纖溶酶。
激活后的纖溶酶形成兩條由兩對二硫鍵連結的肽鏈。輕鏈為原肽鏈的 C端部分，共含 230個氨基酸殘基，其結構類似于胰蛋白酶，酶的活性部位即位于輕鏈。重鏈的N末端為賴氨酸或纈氨酸，C末端即為激活時肽鍵裂解處的精氨酸。此重鏈部分的結構與凝血酶原N端的A及S-肽段非常類似，系由5個相似環狀結構組成，同樣稱為“環餅”結構。 5個環狀結構很可相連接能都是同一基因重復表達產生的。環餅結構的特殊性有何功能意義，尚不清楚，有人認為體內纖維蛋白凝膠對纖溶酶的吸附很可能與此結構有關。
人血漿α2-球蛋白中含有專一抑制纖溶酶的抑制劑，稱之為α2-纖溶酶抑制劑（α2－PI），它對纖溶酶有很強的親合力，能瞬時形成復合物而使酶失活。此外血漿中的α2巨球蛋白及α1-抗胰蛋白酶在一定程度上也能抑制纖溶酶，但它們僅在有過量纖溶酶而α2－PI又不足的情況下才發揮作用。
