(1) 患者取左側臥位，類同胃鏡檢查操作將小腸鏡插入胃內腔后，少量注氣、胃腔略張后再進鏡。
(2) 經幽門進入十二指腸球內，此時靜脈注射山莨菪堿10mg或解痙靈20mg，以減少小腸蠕動，必要時靜注地西泮(安定)10mg或哌替啶50mg。
(3) 按ERCP方式送入內鏡，進入十二指腸降部，采用鉤拉法循腔進鏡，當內鏡深入達100cm左右時，鏡頭已到達或超過屈氏韌帶，可應用鉤拉法消除腸袢的銳角及鏡身的彎曲，通過調節角度鈕循腔前進，少量注氣，一般均可順利進入空腸。通過屈氏韌帶后，鏡身的走向可分為順時針型(右型)和逆時針型(左型)兩種，以逆時針型容易插入。一般可插入上部空腸50-60cm，若用滑管可插至屈氏韌帶下120cm。
(4) 小腸鏡檢查通常邊推進邊觀察，退鏡過程中再做細致觀察，如發現異常，可錄像、活檢。也可借助X線透視或腹部平片來判斷病變的確切部位。