大豆異黃酮的主要結構形式是3-苯并吡喃酮為母核的化合物群。天然的大豆異黃酮主要分為游離型的苷元和結合型的糖苷兩種。其中,結合型糖苷由酶或稀酸水解脫去糖基,可形成大豆異黃酮苷元。游離型大豆異黃酮苷元包括染料木苷元、大豆苷元和黃豆苷元。結合型大豆異黃酮糖苷分別為上述3種苷元的葡萄糖苷型、乙酰基葡萄糖苷型、丙二酰基葡萄糖苷型。