基質金屬蛋白酶是一個大家族，因其需要Ca++、Zn++等金屬離子作為輔助因子而得名，其家族成員具有相似的結構，一般由5個功能不同的結構域組成:
（1）疏水信號肽序列；
（2）前肽區，主要作用是保持酶原的穩定。當該區域被外源性酶切斷后，MMPs酶原被激活；
（3）催化活性區，有鋅離子結合位點，對酶催化作用的發揮至關重要；
（4）富含脯氨酸的鉸鏈區；
（5）羧基末端區，與酶的底物特異性有關。
其中酶催化活性區和前肽區具有高度保守性。MMPs成員上述結構的基礎上各有特點。各種MMP間具有一定的底物特異性，但不是絕對的。同一種MMP可降解多種細胞外基質成份，而某一種細胞外基質成分又可被多種MMP降解，但不同酶的降解效率可不同。