目的DNA的長度應小于300bp，以有利于非結合探針和蛋白DNA復合物的電泳分離。雙鏈的合成的寡核苷酸和限制性酶切片段可在凝膠遷移實驗中用作探針。如目的蛋白已被鑒定，則應用短的寡核苷酸片段（約為25bp），這樣結合位點可和其他因子的結合位點區別開。
長的限制性酶切片段可用于對推定的啟動子/增強子區域內的蛋白結合位點定位。隨后可用DNaseI 印跡對蛋白結合的特異區域在DNA序列水平上作出分析。
