后部多形性營養不良常與角膜后營養不良的其他類型易相混淆，例如Fuch內皮營養不良、先天性遺傳角膜營養不良和后無定型的角膜營養不良。后者通過灰白擴散的后基質的片狀混濁，偶爾虹膜伸延到360°Schwalbe線以及各種虹膜異常，但是無青光眼。當角膜虹膜粘連出現，需同時考慮Axenfeld-Rieger綜合征和ICE綜合征，前二者中有許多較細的虹膜絲附于突出的Schwalbe環上。PPMD往往與先天性青光眼角膜后Haab’s線相混。盡管后者可以通過邊緣的薄區域與之鑒別。內皮細胞顯微結構在鑒別PPMD和其他有前角膜異常的疾病方面是有價值的。