潛在藥物
目前還沒有廣泛使用半胱氨酸蛋白酶作為批準的有效驅蟲藥，但對該主題的研究是一個有前途的研究領域。已發現從這些植物中分離的植物半胱氨酸蛋白酶具有高蛋白水解活性，已知可消化線蟲角質層，且毒性非常低。已經報道了對線蟲如Heligmosomoidesbakeri、旋毛蟲、Nippostrongylusbrasiliensis、Trichurismuris和Ancylostomaceylanicum的成功結果；該絳蟲Rodentolepismicrostoma，以及豬棘頭蟲Macracanthorynchushirundinaceus。半胱氨酸蛋白酶的一個有用特性是抗酸消化，允許口服給藥。它們為當前的驅蟲藥提供了一種替代作用機制，并且認為不太可能產生抗藥性，因為它需要徹底改變蠕蟲角質層的結構。
在一些傳統藥物中，木瓜、菠蘿和無花果的果實或乳膠被廣泛用于治療人和牲畜的腸道蠕蟲感染。
其他
半胱氨酸蛋白酶用作牲畜的飼料添加劑，以提高蛋白質和氨基酸的消化率。