該MEROPS蛋白酶分類系統計數14個超家族，加上幾個當前未分配的家庭（截至2013年）每個包含許多家庭。每個超家族使用催化三聯體在不同的或成對蛋白質折疊等代表趨同進化的的催化機制。
對于超家族，P表示包含親核類家族混合物的超家族，C表示純半胱氨酸蛋白酶。超家族。在每個超家族中，家族由其催化親核試劑（C表示半胱氨酸蛋白酶）指定。
