化學修飾（chemical modification）調節方式有別于別構調節。它以引起酶分子共價鍵的變化、化學結構的改變而影響酶活性。酶的化學修飾是在另一種酶的催化下完成的，是體內快速調節的另一種重要方式。
化學修飾的方式包括磷酸化與脫磷酸化、乙酰化與脫乙酰化、甲基化與脫甲基化、腺苷化與脫腺苷化、-SH與-S-S-互變等。其中以磷酸化與脫磷酸化在代謝調節中最為重要和常見。
