慢性病和長期應用抗菌素可增加霉菌對食管的感染機會，導致霉菌性食管炎的發生。例如患有糖尿病、慢性阻塞性肺病、血液病、惡性腫瘤、慢性腎病等患者。但應注意，部分健康人也可能會出現食道霉菌感染，可能與其暫時性免疫能力下降有關。另外，周長江主任特別提示，霉菌性食道炎常與口咽部念珠菌病或肢體霉菌感染并存，也提示健康人可能繼發食道霉菌感染。治療用藥通常需聯合應用抗真菌藥。如制霉菌素加氟康唑2 4周治療，個別病人需要六周治療。
由于霉菌性食管炎患者大多為慢性疾病病人，長期應用過程中可能會出現胃腸道反應或肝腎損害癥狀。為了避免抗真菌藥物的副作用，一經胃鏡發現，可以立即噴灑一種藥物，通過表面殺菌作用，可以有效去除食管粘膜表面感染的真菌，并且沒有抗真菌藥物引起的副作用，局部治療效果明顯。