由于隨機引物在較低的復性溫下能與基因組DM非特異性的結合，當相鄰兩個引物間的DNA小于2 000bp時，就能夠得到擴增產物。與RFLP相比，RAPD具有很多優點。（1)不需要了解研究對象基因組的任何序列，只需很少純度不高的模板，就可以檢測出大量的信息。（2)無需專門設計RAW)反應引物，隨機設計長度為8-10個堿基的核苷酸序列就可應用。（3)操作簡便，不涉及分子雜交、放射自顯影等技術。（4)需要很少的DNA樣本。(5)不受環境、發育、數量性狀遺傳等的影響，能夠客觀地提示供試材料之間DNA的差異。可以檢測出RFLP標記不能檢測的重復順序區。當然RAPD技術有一定的局限性，它呈顯性遺傳標記（極少數共顯性），不能有效區分雜合子和純合子。易受反應條件的影響，某些情況下，重復性較差，可靠性較低，對反應的微小變化十分敏感。如聚合酶的來源，DNA不同提取方法，Mg2+離子濃度等都需要嚴格控制_。