（1） 生理鹽水涂片法：對腸阿米巴病而言，糞檢仍為最有效的手段。這種方法用以檢出活動的滋養體。一般在稀便或帶有膿血的便中滋養體多見，伴粘集成團的紅細胞和少量白細胞。但蟲體在受到尿液、水等作用后會迅速死亡，故應注意快速檢測和保持25~30℃以上的溫度和防止尿液等污染。并要注意某些抗菌素、致瀉藥或收斂藥、灌腸液等的應用均可影響蟲體生存和活動，可影響檢出率。
對膿腫穿刺液等亦可行涂片檢查，但應注意蟲體多在膿腫壁上，故穿刺和檢查時應予注意。另外，鏡下滋養體需與宿主組織細胞鑒別，主要有如下幾點：À； 溶組織內阿米巴滋養體大于宿主細胞；Á；胞核與胞質比例低于宿主細胞；Â；滋養體為泡狀核，核仁居中，核周染色質粒清晰；Ã；滋養體胞質中可含紅細胞和組織碎片。
（2） 碘液涂片法：對慢性腹瀉患者以檢查包囊為主，可作碘液染色，以顯示包囊的胞核，同時進行鑒別診斷。用甲醛乙醚法沉淀包囊可以提高檢出率40%~50%，
另外，對于一些慢性患者，糞檢應持續1周~3周，以確保無漏診病人。
（3） 體外培養：培養法比涂片法更敏感，常用Robinson’s培養基，對亞急性或慢性病例檢出率比較高，但非一般實驗室均可開展的，故為非常規方法，但對研究很有意義。
在糞便檢查中，溶組織內阿米巴必須與其他腸道原蟲相區別，尤其是結腸內阿米巴（Entamoeba coli）和哈門氏內阿米巴（Entamoeba hartmani）。哈門氏內阿米巴因其體積較小而易于區別，與結腸內阿米巴則有時比較困難，應考慮多種標準。來自美國疾病控制中心的報告指出，白細胞比其他原蟲更易與溶組織內阿米巴相混淆。
有許多方法可用于鑒別溶組織內阿米巴和迪斯帕內阿米巴，主要包括同工酶分析、酶聯免疫吸附試驗和多聚酶鏈反應（PCR）分析。以溶組織內阿米巴表面半乳糖/乙酰氨基半乳糖凝集素作為靶抗原，以單克隆抗體檢測，其在血和糞便中的敏感性和特異性達88%和99%。在歐美日已有檢測試劑盒出售。而PCR法則可直接從DNA水平鑒別兩種阿米巴，其中以檢測編碼29/30kDa的多胱氨酸抗原的基因最為特異和可行。也有人報告以直接糞便PCR法可以迅速鑒別兩種阿米巴。
WHO專門委員會建議，顯微鏡下檢獲含四核的包囊應鑒定為溶組織內阿米巴/迪斯帕內阿米巴；糞中檢測含紅細胞的滋養體應高度懷疑為溶組織內阿米巴感染；血清學檢查結果，高滴度陽性應高度懷疑溶組織內阿米巴感染；阿米巴病僅由溶組織內阿米巴引起。