由于乙型肝炎的潛伏期長，在免疫時可能已有未被識別的乙型肝炎病毒感染存在，在這種情況下疫苗可能不能預防乙肝感染。
本疫苗不能預防甲型、丙型、戊型肝炎病毒及其它已知感染肝臟的病原體導致的感染。
對乙型肝炎疫苗的免疫應答與幾個因素有關、包括高齡、男性、肥胖、吸咽習慣和接種途徑。
對于接種乙肝疫苗應答較差者（例如超過40歲等）可能需要額外劑量。
重組（酵母）乙型肝炎疫苗不應臂部注射或皮內注射，因為可能導致免疫應答較低。
重組（酵母）乙型肝炎疫苗在任何情況下不得靜脈注射。
慢性肝病患者或HIV感染者或丙肝病毒攜帶者不能被排除在乙肝免疫范圍外，因為這些病人感染乙肝病毒的后果嚴重，故推薦接種乙肝疫苗并應在醫生的指導下具體分析個例而進行乙肝疫苗接種。對于HIV感染者，血液透析患者和免疫系統受損患者、初免后可能達不到足夠的抗-HBS抗體滴度，因此這些病人需要接種額外劑量疫苗。
（見對慢性血液透析患者的推薦劑量）
硫柳汞（一種有機汞成份）在生產過程中使用并在終產品中有殘留，因此有可能引起過敏反應。
像其它注射用疫苗一樣，為預防接種后發生罕見過敏反應，應有適當醫療和監護措施。
注射前應用肉眼觀察疫苗是否有異特和/或物理性狀改變。如性狀發生改變應予以廢棄。
疫苗開啟后應立即使用。