疫苗有兩種基本類型：減毒活疫苗和滅活疫苗。活疫苗和滅活疫苗的特點是不同的，這些特點決定著使用疫苗的方式。
減毒活疫苗
減毒活疫苗是在實驗室里通過改進(“野”)病毒或細菌而制備。所得到的疫苗株微生物保留了復制（生長）和引起免疫的能力，但通常不致病。減毒活疫苗包括活病毒疫苗和活細菌疫苗。
滅活疫苗
滅活疫苗既可由整個病毒或細菌組成，也可由他們的裂解片斷組成。裂解疫苗既可以是蛋白質疫苗，也可以是多糖疫苗。蛋白質疫苗包括類毒素（滅活細菌毒素）和亞單位或亞毒粒制品。大多數多糖疫苗由來自細菌的純化了的細胞壁多聚糖組成。結合多糖疫苗是將多聚糖用化學方法與蛋白質連接而得到的疫苗，這種連接使多糖成為更有效的疫苗。