1.急性血吸蟲病
須與敗血癥、瘧疾、傷寒與副傷寒，急性粟粒性肺結核，病毒感染，其他腸道疾病鑒別。主要根據籍貫、職業、流行季節，疫水接觸史、高熱、肝臟腫大伴壓痛、嗜酸性粒細胞增多，大便孵化陽性為鑒別要點。
2.慢性血吸蟲病
須與慢性菌痢、阿米巴痢疾、潰瘍性結腸炎、腸結核、直腸癌等病鑒別。糞便孵化血吸蟲毛蚴陽性可確診。嗜酸性粒細胞增生有助于本病之診斷。腸鏡檢查及組織檢查可有助于確診。糞便常規檢查、培養、X線鋇劑灌腸，診斷性治療有助于診斷與鑒別診斷。
3.晚期血吸蟲病
須與門脈性肝硬變及其他原因所致的肝硬變鑒別。血吸蟲病肝硬變的門脈高壓所引起的肝脾腫大、腹水、腹壁靜脈怒張改變較為突出，肝細胞功能改變較輕，肝表面高低不平。門靜脈性肝硬變表現為乏力，厭食、黃疸、血管痣、肝腫大顯著甚至縮小，不易摸到表面結節，且有活動性肝功改變，如轉氨酶增高等。
4.異位血吸蟲病
肺血吸蟲病須與支氣管炎、粟粒性肺結核，肺吸蟲病鑒別。急性腦血吸蟲病應與流行性乙型腦炎鑒別。慢性腦血吸蟲病應與腦瘤及癲癇鑒別。
尾蚴性皮炎需與稻田皮炎鑒別。稻田皮炎由寄生于牛、羊、鴨等動物的門靜脈中的動物血吸蟲尾蚴侵襲皮膚引起，多見于我國東南、東北、西南各省市。宿主排卵入水、孵出毛蚴、入錐實螺，后尾蚴逸出螺體。人接觸尾蚴后便立即進入皮膚、引起皮炎。皮炎初見呈紅點，逐漸擴大變為紅色丘疹，皮疹一周后消退，尾蚴被消滅，病變不再發展。