花青素廣泛存在于開花植物（被子植物）中,其在植物中的含量隨品種、季節、氣候、成熟度等不同有很大差別。 據初步統計：在27個科,73個屬植物中均含花青素,如紫甘薯、葡萄、血橙、紅球甘藍、藍莓、茄子、櫻桃、紅莓、草莓、桑葚、山楂、牽牛花等植物的組織中均有一定含量。
最早最豐富的花青素是從紅葡萄渣中提取的葡萄皮紅色素,它于1879年在意大利上市,該色素可通過葡萄酒酒廠的廢料-葡萄渣提取。接骨木漿果（Elderberries）中含大量的花青素,并且都是矢車菊素,每百克鮮重在200~1000 mg。另外,花青素在大麥、高粱、豆科植物等糧食作物中也廣泛存在。研究發現,葡萄籽與松樹皮的提取物中花青素的含量最高。