在選好色譜柱的前提下，還應注意下述各點：
1. 載氣流速。用氫作載氣時，一般填充柱之載氣流速為5～10厘米/秒的線性速度。適當的流速，有利于提高分辨率。
2. 柱溫。通常采用與樣品平均沸點相等或高出10度的柱溫為宜。但是，在氣液色譜中，流動相以恒溫進入色譜柱時，將使相似化合物早餾出峰互相重疊，晚餾出峰寬度增加。若改為單階梯式或多階梯式線性程序升溫方式，則可大大提高其分辨率。在選擇初步（化合物中最低沸點）升溫速率（0.5～6℃/分)和最終溫度（化合物中最高沸點，但不高于固定相的沸點）的基礎上，經過試驗就可找出與理想分辨率有關的柱溫。
3. 進樣的體積與速度。普通填充柱的氣體樣品進樣量為0.1～1毫升，液體樣品為0.1～2毫升。進樣體積過大，會使峰形扁平甚至重疊，有時還會出現畸形峰，不利于測量面積。此外，氫火焰離子化檢定器的進樣量應比熱導池檢定器小。至于進樣速度，原則上要求越快越好，這樣可提高分離效果，降低進樣誤差。