對難于培養的腸道腺病毒，從糞便標本中粗提后，經電子顯微鏡或免疫電鏡觀察。
病毒分離與鑒定
1．分離培養 標本應盡早從感染部位采集。采集患者咽喉、眼分泌物，糞便和尿液等，加抗生素處理過夜，離心取上清接種敏感細胞（293、Hep-2或HeLa細胞等），37℃孵育后可觀察到典型CPE，即細胞變圓、團聚、有拉絲現象，最突出的表現是許多病變細胞聚在一起呈葡萄串狀。
2．病毒鑒定 用熒光標記的抗六鄰體抗體與分離培養細胞作用來鑒定腺病毒，也可用血凝抑制（hemoagglutination inhibition，HI）試驗或中和試驗（neutralization test，NT）檢測屬和組特異性抗原并鑒定病毒的血清型。
腺病毒可用Shell vial技術進行快速鑒定。病毒標本經抗生素和離心處理，取上清接種于有細胞的Shell vial培養瓶，孵育1～2天，用特異性六鄰體單克隆抗體對其抗原表位進行檢測。也可用病人鼻粘膜上皮脫落細胞直接染色檢測病毒抗原。
用DNA雜交或內切酶酶切等鑒定分離培養的病毒DNA；PCR可用于腺病毒感染的診斷，引物設計主要根據腺病毒六鄰體、VAI和VAII編碼區序列，能檢測所有血清型，而且其敏感性很高，能檢測某些病人潛在的腺病毒。用腺病毒41型BgIII-D片段作探針診斷腺病毒腹瀉，其檢出率可達80%。