1.血象
白細胞總數明顯增加，一般在20×109/L，高者可達40×10
/L。或以上。中性粒細胞在80%～90%。
2.腦脊液檢查
腦脊液檢查是診斷流腦的重要依據。如有明顯顱內壓增高，或于短期內進入昏迷的患者，尤其疑為暴發腦膜腦炎型者，更需謹慎。對診斷尚不明確者，應于靜脈推注甘露醇降低顱內壓后再作腰椎穿刺。在腰椎穿刺時如壓力明顯增高，則于穿刺后重復甘露醇靜脈推注。腰椎穿刺應在急診時或入院后使用抗菌藥物前施行，以免影響檢查結果。
3.細菌學檢查
（1）涂片檢查包括皮膚淤點和腦脊液涂片檢查。染色后鏡檢，陽性率很高。腦脊液沉淀涂片亦較腦脊液培養的陽性率高；因此為診斷本病的不可缺少的檢查步驟。
（2）細菌培養①血培養血培養在流腦時陽性率不高，在敗血癥期或暴發型為絕大多數。必須注意在應用抗菌藥物前采血作細菌培養，并選用良好培養基。②腦脊液培養腦脊液培養雖較腦脊液涂片陽性率為低，但仍屬必要檢查步驟。③細菌藥物敏感度試驗培養陽性者，應作藥物敏感度試驗以作治療的參考。
4.免疫血清學檢查
（1）抗原的免疫學檢查包括對流免疫電泳、反向間接血凝試驗、酶聯免疫吸附試驗、金黃色葡萄球菌A蛋白協同凝集反應、放射免疫法等，用以檢測血液、腦脊液或尿中的腦膜炎球菌抗原。一般在病程的3天以內易獲陽性。
（2）抗體的免疫學檢查有間接血凝、殺菌抗體測定等。如恢復期血清效價大于急性期4倍以上，則有診斷價值。此外，抗體測定尚可用于檢測人群的免疫水平，以及用以檢測疫苗注射后的抗體反應。
5.分子生物學診斷方法
PCR技術以其靈敏、快速、特異的特點，作為診斷技術已得到較廣泛的應用。此方法可以快速檢測不同種標本中的極少量細菌，其靈敏度可達到10～12DNA/50μl體系，比血清學檢查靈敏得多，而且抗生素的應用對它的檢出影響不大，并且接到標本后三、四個小時即可做出診斷，可以在疾病的早期輔助臨床診斷。PCR擴增Nm特異基因，不但可將流腦與其他細菌性腦膜炎區分開來，還可將Nm分群、分型及進行耐藥性研究。
6.其他
血液、尿素氮、肌酐、血氣分析、血pH值、電解質、血及尿常規，以及休克時的中心靜脈壓和肺動脈楔壓等監護對估計病情和指導治療均有一定幫助，必要時選擇有關項目進行測定。DIC時，血小板、纖維蛋白原含量減少，凝血酶原時間延長，因子Ⅴ、Ⅶ、Ⅷ含量減少，部分凝血活酶時間延長，而纖維蛋白降解產物濃度增加則可證實DIC的診斷。腦脊液中的乳酸、乳酸脫氫酶等測定常有增高，對鑒別化膿性腦膜炎和病毒性或結核性腦膜炎有助。此外，X線檢查可見節段性或大葉性炎癥陰影，部分患者有少量胸腔積液。