1、主動運輸：主要發生在回腸遠端。在回腸遠端，所有類型的膽汁酸都通過這一機理進行運輸，但速率不同，主要取決于羥基的數目，以及膽汁酸分子是結合態還是自由態。
2、被動運輸：主要發生在小腸和結腸。這種被動的、選擇性的重吸收速率取決于膽汁酸的離子化程度及極性。未結合的膽汁酸和二羥基膽汁酸的甘氨酸結合物(以非離子化的形式存在)，也通過簡單擴散的方式被重吸收。這種通過小腸膜的非離子化擴散可在小腸的任何部位及結腸發生。
