已證實HFRS病毒與其他出血熱病毒無關，與布尼亞病毒科其他4個屬的病毒也無血清學關系。采用血清學方法（主要是空斑減少中和試驗）以及RT—PCR技術和酶切分析方法，可將HFRS病毒分為不同型別，即漢灘病毒（Ⅰ型，又稱野鼠型）、漢城病毒（Ⅱ型，又稱家鼠型）、普馬拉病毒（Ⅲ型，又稱棕背鼠型）、希望山病毒（Ⅳ型，又稱草原田鼠型）、泰國病毒（Ⅴ型）、Dobrava病毒（Ⅵ型）、 Thottapalaym病毒（Ⅶ型）以及1993年在美國西南部暴發的漢坦病毒肺綜合征的病原。其中前4型經世界衛生組織漢坦病毒參考中心認定的，而后4型則尚未最后認定。從我國不同疫區、不同動物及病人分離出的HFRS病毒，分屬于Ⅰ型和Ⅱ型，兩型病毒的抗原性有交叉。