（一）呼吸道感染 肺炎克雷伯菌引起的肺炎起病急，常有寒戰、高熱、胸痛、痰液粘稠而不易咳出，痰呈磚紅色或深棕色（25～50%），部分病人有呼吸困難及紫紺，16～50%的病人有肺膿腫形成。預后較差，病死率約50%，發生廣泛肺壞疽者則預后更差。
肺炎克雷伯菌是呼吸道感染最常見的致病菌之一。在痰標本所得革蘭陰性桿菌中占第二位，僅次于銅綠假單胞菌。國外報告有的占首位。偶可由產氣桿菌、陰溝桿菌引起。醫院內交叉感染常導致細菌在咽部寄殖，繼引起支氣管炎或肺炎。長期住院、應用抗菌藥物等使病人咽部肺炎桿菌、產氣桿菌等腸桿菌科細菌檢出率增高，細菌下行而引起支氣管及肺部感染。
（二）尿路感染 據報道，尿路感染中肺炎克雷菌引起者占第3位，以銅綠假單胞菌最多，大腸桿菌次之。絕大多數病人有原發疾病如：膀胱癌、前列腺肥大、膀胱無力、尿道狹窄等，也可發生在惡性腫瘤或其他嚴重全身疾病的病人，導尿、留置導尿管或尿路、器械檢查等是常見的誘因。經采用適當抗菌藥物治療后近期療效較好。臨床表現與其他病原所致尿路感染相同。
（三）敗血癥 國外報道肺炎克雷伯菌敗血癥占革蘭陰性桿菌敗血癥中的第2位，僅次于大腸桿菌，絕大多數病人均有原發疾病和(或)使用過廣譜抗菌藥物、免疫抑制劑或抗代謝藥物等。最常見的誘因是:手術，入侵途徑有呼吸道、尿路、腸道、腹腔、靜脈注射及新生兒臍帶等；染菌的靜脈輸液引起者可引起局部小流行。病情兇險，除發熱、畏寒外，有時伴發休克。遷徙性病灶可見于肝、腎、肺、骨骼、髂窩、腦膜及腦實質等，病死率30～50%。
（四）細菌性腦膜炎 肺炎克雷伯菌、產氣腸桿菌、陰溝腸桿菌等均可引起，以肺炎克雷伯菌引起者日見增多。多見于腦外傷或腦手術后，新生兒也可發生，有坂崎腸桿菌引起新生兒腦膜炎的報告，預后甚差。可出現顱內高壓癥狀、腦膜刺激征及腦脊液中白細胞及中性粒細胞增多等。老年病人常合并有敗血癥存在，病死率高。
（五）其他 如：手術后、傷口感染或其他創面感染、皮膚軟組織感染、心內膜炎、骨髓炎、關節炎等，均可由上述細菌引起。病人使用抗菌藥物后，其糞便中炎克雷伯菌的檢出率增高，這些無癥狀的帶菌者也成為重要的細菌貯存場所，一旦機體抵抗力下降時，即可侵入體內造成全身感染。