1、染色前：
①切出的石蠟切片要好，不能有皺褶或者刀痕，切片不能太厚。
②撈片時，最好一張玻片撈一個組織，組織最好位于玻片的中間，美觀的同時也利于脫蠟（有時二甲苯的液面低于組織片的時候，達不到脫蠟的目的）。
③石蠟切片脫蠟到水時，一定要注意組織切片脫蠟務必要徹底（脫蠟時間不能太少）以使脫蠟后的組織達到真正的“干凈”。否則剩余的未脫干凈的石蠟粘附在組織表面，在染色時染色液未能充分與組織接觸，最終導致染色效果不佳，甚至染不上顏色。
④在染色過程中最好不要在玻片上貼標簽紙，以避免脫蠟時把標簽紙也浸沒，致使標簽紙上的膠黏到玻片上，造成染色不佳。
⑤在染色前，用有色鉛筆在組織周圍劃一個圈，這樣在滴加染液時就不會使染液溢出。
2、染色時：
①染色時必須嚴格按照染色操作說明書進行染色。
②在染色過程中，前一個染液浸染完成后，在進行下一個染液的步驟之前，必須徹底充分水洗，使前一個染液沖洗干凈后再進行下一步驟。
③ 每次滴加染液前，務必吸干組織上多余的水分，避免多余的水把染液稀釋了，造成染色不佳。
④在滴加染液時，務必使染液完全覆蓋組織，但不能溢出圈外，避免浪費試劑。