病因迄今未明。由于病變組織中有大量嗜酸性粒細胞廣泛浸潤，多數患者周圍血中嗜酸性粒細胞增多，約50%的患者有個人或家庭變態反應史，故本病可能系對內、外源性過敏原發生全身或局部性變態反應而致。血清中免疫球蛋白IgG、IgA增高，亦說明有免疫反應參與。
某種特殊過敏原與胃腸黏膜敏感組織接觸后，在胃腸壁內發生抗原、抗體反應，釋放出組胺類血管活性物質，引起胃腸黏膜充血、水腫、嗜酸性粒細胞浸潤以及胃腸平滑肌痙攣和黏液分泌增加從而引起一系列胃腸癥狀。
