目前，利用重組DNA技術生產的大多數治療用血液蛋白幾乎都是在哺乳動物細胞表達系統中生產出來的。該系統的主要優點是所表達的重組蛋白能夠進行正確的折疊及完成其他翻譯后加工過程的機會比較高，然而，有許多因素仍然限制哺乳動物細胞表達系統的廣泛應用，這些因素包括：
1）即使在最適的培養條件下，重組蛋白在哺乳動物細胞中的表達水平仍很低，通常為每天每升數十毫克；
2）重組蛋白最后必需從培養液中分離提純出來，這會進一步導致產量損失和增加生產成本；
3）哺乳動物細胞表達系統日常維護費用非常高，這也使產品的生產成本居高不下；
4）哺乳動物細胞對外力比較敏感，而振蕩培養通常又是工業化大規模生產所不可缺少的，這就使擴大生產規模變得相當困難；
5）胎牛血清是哺乳動物細胞生長所不可缺少的，它的價格昂貴，而且不同批次之間成份相差很大，這些變化會導致細胞的生長情況不一致，進而影響到細胞發酵過程及下游的提純加工過程；
6）哺乳動物細胞對一些環境因素如溫度、pH值、含氧量和次生代謝產物的變化非常的敏感，因此需要對培養條件進行精確的監控；
7）利用哺乳動物細胞培養表達系統不能避免病原生物的污染。