本病病原為微小核糖核酸病毒科中的新型腸道病毒70型（enterovirus 70, EV70）或柯薩奇病毒A24型變種（Coxsakie virus A24 ，CA24v）。兩種病毒形態相同，皆為球形，直徑20～30nm。蛋白質衣殼呈立體對稱二十面體，有32個子粒，無外膜。基因組為單股正鏈RNA，在宿主細胞胞漿內繁殖復制。病毒耐酸、耐乙醚，對一般常用消毒劑、脂溶劑抵抗，對紫外線、氧化劑、高溫干燥敏感。世界范圍急性出血性結膜炎流行地區分離出的病毒常為EV70，亞洲地區急性出血性結膜炎流行分離的病毒以CA24v為多。EV70和CA24v兩種病毒引起的急性出血性結膜炎臨床表現基本相同，兩者不能區別。
病因世界各國在本病流行時，都分離出一種新型的微小核糖酸病毒。該病毒直徑約20～30毫微米，球形、RNA單股病毒。耐酸、耐乙醚、對碘苷抵抗；對熱敏感，加熱到50℃分鐘即能滅活。能在Hela細胞及人胚肺細胞培養基上生長。該病毒是一種嗜神經病毒，某些毒株經腦內或脊髓接種猴子時，可使猴子產生神經損害，或下肢馳緩性麻痹，作為本病的病原是微小核糖核酸病毒中的腸道病毒70型所致。近來發現另一種腸道病毒柯薩奇A24型也能引起同樣臨床病變。
中國歷次急性出血性結膜炎流行中各地區也都分離出EV70或CA24v，或兩種病毒同時流行感染。臨床診療中用75%酒精消毒是最可靠的消毒方法。