1、尿道綜合征病因—泌尿系統感染
患者尿道口組織的病理改變均為慢性炎癥反應。多數患者尿培養可能陽性，厭氧菌培養可增加陽性發現。
2、尿道綜合征病因—尿道梗阻
如膀胱頸梗阻、尿道遠端周圍組織纖維化或括約肌痙攣導致遠端尿道縮窄。
3、尿道綜合征病因—尿道外口解剖異常
如尿道處女膜融合、處女膜傘、小陰唇融合等。有報道，尿道外口至陰道口距離與尿道綜合征關系密切，間距越近患病率越高，間距在3mm以下者患病率達72.15%。
4、尿道綜合征病因—神經功能異常
損傷、感染、X線照射等引起尿道內纖維組織增生，使神經發生異常反射。
5、尿道綜合征病因—心理因素
如緊張焦慮、多疑及內向等心理狀態是尿道綜合征的易感因素。
6、尿道綜合征病因—其他
如免疫因素、雌激素水平下降、鎂離子缺乏、醫源性因素等。