在兒童，尤其是新生兒免疫功能不全是金黃色葡萄球菌感染的重要易感因素。國外研究表明，體重過小及胎齡不足是敗血癥的2個高危因素，而且凝固酶陰性的葡萄球菌在新生兒血培養中不容忽視，病原菌由人體體表或黏膜進入體內，由于上述毒素和酶的作用，使其不易被殺滅，并隨血循環播散至全身，肺臟極易被累及，尚可有其他遷徙病灶，亦可由呼吸道感染后直接累及肺臟導致肺部炎癥。
金黃色葡萄球菌具有很強的毒力，能產生溶血毒素，血漿凝固酶，去氧核糖核酸分解酶，殺白細胞素，金黃色葡萄球菌肺炎好發于胸膜下組織，以廣泛的出血壞死及多個膿腫形成為特點，細支氣管及其周圍肺泡發生的壞死使氣道內氣體進入壞死區周圍肺間質和肺泡，由于膿性分泌物充塞細支氣管，成為活瓣樣堵塞，使張力逐漸增加而形成肺大皰（肺氣囊腫），鄰近胸膜的膿腫破裂出現膿胸，氣胸或膿氣胸。