預后決定于下列幾個因素：
1.全身情況和泌尿系以外的結核病狀況（因為男性患者常并發生殖系統結核，所以女性患者一般較男性預后好）。
2.膀胱結核病變的輕重。
3.對側腎臟病變與功能狀況。
4.治療時機和治療的正確性。
抗結核藥物問世之前，腎結核的治療主要是切除感染的腎臟；抗結核藥物廣泛應用于腎結核之后，不僅可以治愈早中期患者，而且也顯著改善了嚴重及晚期腎結核患者（如雙腎結核、孤立腎腎結核、腎結核對側腎積水、膀胱攣縮、結核性膀胱陰道瘺、結核性膀胱直腸瘺、結核性尿道瘺等）的預后，使需要外科手術治療的患者大大減少，極大地保護了腎功能。近年的報道總病死率為2%～50%。早期治療效果明顯，晚期治療預后不良。