這主要是嬰兒的生理解剖因素和環境因素所決定的。嬰幼兒的尿路容易發生逆行感染，由于經常使用尿布或穿開襠褲，尿道口常受糞便和其它不潔物的污染，大腸桿菌、變形桿菌、副大腸桿菌、克雷白桿菌、糞鏈球菌及金葡萄菌等多種病菌就堆積在尿道口周圍，尋找可乘之機；嬰兒，特別是女孩尿道短，括約肌功能差，細菌容易沿著尿道上行至膀胱；另外嬰幼兒輸尿管末段在膀胱肌層走行的較短，膀胱膨脹時不能將其壓緊關閉，膀胱憋尿時易經輸尿管逆行而上造成腎盂感染；再加上嬰幼兒自身免疫力不健全，防御能力差，不僅易引起上行感染，還可能由于患上呼吸道感染、肺炎、菌血癥等而導致下行感染尿道。所以越小的嬰兒，發病率越高。