側翼序列包括前導區、尾部區、調控區，調控區又包括啟動子、增強子、終止子等：
1、前導區和尾部區 此二區被轉錄并參與成熟mRNA的組成，但不被翻譯，前者位于轉錄起始點和第一外顯子之間，相當于mRNA5’端的非翻譯區(5’UT)；后者位于最末外顯子和終止子之間，相當于mRNA3’端非翻譯區(3'UT)。前導區和尾部區轉錄后的相應序列在mRNA中起維持mRNA穩定性的作用。
2、啟動子 啟動子是指能與RNA聚合酶結合的DNA序列，此序列能啟動基因的轉錄，是RNA聚合酶識別轉錄起始部位的信號，目前已發現3種啟動子序列，均位于轉錄起始點的上游，包括：TATA框(P1)，位于轉錄起始點上游19-27bp處；CAAT框(P2)。位于轉錄起始點上游70—80bp處；GC框(P3)，有2個拷貝，位于CAAT框的兩側。
3、增強子 增強子指雖不能啟動基因的轉錄，但有增強轉錄作用的DNA序列．增強子的位置不固定，可以是在轉錄起始點的上游，也可以是下游，甚至可以插在內含子中；增強子通常有組織特異性，可與不同組織的特異性因子結合，從而對基因表達因組織器官的不同而起不同的調節作用。
4、終止子 終止子是尾部區和轉錄終止點間的一段特定序列，具有終止轉錄的功能。其共同結構特征是：
(1)AATAAA序列：是終止子的起始序列，稱為mRNA裂解信號，其作用是指導核酸內切酶在信號下游10—15bp的特定位點上裂解mRNA。
(2)回文序列：是一段長約7-20個核苷酸對的反向重復順序，也稱為終止信號，是RNA聚合酶轉錄終止的信號，位于AATAAA的下游，其對稱軸距轉錄終止點約16-24bp。
(3)A—T對序列：是自回文序列末端起至轉錄終止點的一段序列，有6-8個A—T對。回文序列和A—T對經轉錄后可形成發夾結構及與A互補的一串U，發夾結構的存在阻礙RNA聚合酶的移動，而A—U之間氫鍵結合較弱，故RNA/DNA雜交部分易于拆開，有利于轉錄物從DNA模板上釋放出來。