肝囊腫多數癥狀較輕微，常偶發現上腹無痛性腫塊，腹圍增加或有肝區脹痛、食欲不振、喛氣、惡心、嘔吐、消瘦。若囊腫增大壓迫膽總管則有黃疸，破裂可有囊內出血，代替囊腫扭轉可有急性腹痛，肝腫大但無壓痛，約半數患者有腎脾、卵巢、肺等多囊性病變。
